En 1972 se aprobó la creación de la Carrera Interdisciplinaria en Tecnología de Alimentos con la participación de las Facultades de Agronomía y Microbiología, las Escuelas Química y de Ingeniería química y el centro de Investigaciones en Tecnología de Alimentos CITA. En 1992, esta carrera se transformó en la Escuela de Tecnología de Alimentos, la cual pertenece actualmente a la Facultad de Ciencias Agroalimentarias.

El programa de licenciatura coordinado por la Escuela de Tecnología de Alimentos fue fundado con el objetivo de formar profesionales con una base científica y tecnológica sólida en el campo, con capacidad para aplicar sus conocimientos en la resolución de problemas específicos e impulsar el desarrollo de la industria alimentaria del país.

La Escuela de Tecnología de Alimentos ha graduado profesionales que se encuentran ubicados en la industria alimentaria, la cual representa el sector más productivo del país.

Considerando la importancia de los programas de posgrado como espacios para la formación especializada, y la necesidad de formar profesionales de mayor nivel en el campo con el fin de impulsar el desarrollo de la industria y aumentar su competitividad, la Escuela de Tecnología de Alimentos, con la ayuda de un profesional de alto nivel del Servicio de Intercambio Académico  (DAAD), estableció en 1996 el Programa de Posgrado en Ciencia de Alimentos. Al mismo tiempo se aprobó el primer plan de estudios de este programa la Maestría Académica en Ciencia de Alimentos.

Esta maestría fue diseñada a partir de la base de la Licenciatura en Tecnología de Alimentos y de acuerdo con la estructura del Sistema de Estudios de Posgrado de la Universidad de Costa Rica para las maestrías académicas, las cuales deben aprobar 30 créditos en cursos teórico prácticos y 30 créditos en cursos de investigación (Investigación dirigida I, Investigación dirigida II y Tesis en ciencia de alimentos).

Desde sus inicios, en 1997, la Maestría Académica en Ciencia de Alimentos ha admitido más de 60 estudiantes, de los cuales, un gran porcentaje proviene del campo académico. El Programa de Posgrado graduó el primer Máster en Ciencia de Alimentos en el año 1999.